Libreosteo

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#1 31-05-2017 12:03:21

jeanmark
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Import en CSV

Bonjour,

Ma femme utilisait jusqu'à maintenant medintux mais le logiciel s'est avéré trop lourd pour son usage d'Ostéo.
J'ai donc fait un export de la base Mysql en csv (enfin... plusieurs export agrégés).

On voulait essayer LibreOsteo et je me suis donc penché sur l'option d'import en csv via le template.
J'ai donc bien renseigné les colonnes du template patient (pour 350 lignes environs) et fait une sauvegarde via excel en csv.

Bon, ça ne marche pas (il ne se passe rien quand on clique sur "analyser") : j'ai pensé que c'était lié à un problème d'encodage vu qu'excel est très bon pour rajouter des fioritures inutiles... roll
J'ai donc retravaillé le csv via notepad++ en m'assurant qu'il n'y avait pas de retour chariot et que tout était encodé en utf8 (supprimant également les accents par prudence).

Ça ne marche toujours pas et là je suis un peu démuni...

Si nécessaire je peux passer en MP un bout du fichier patient (avec juste ma ligne roll) pour analyse.

Merci !

Amicalement,

JM

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#2 31-05-2017 23:09:39

littlejo
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Re: Import en CSV

Bonjour,

Merci pour l'intérêt à ce logiciel.

Je veux bien regarder tes csv.

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#3 31-05-2017 23:18:42

jeanmark
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Re: Import en CSV

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#4 01-06-2017 06:33:33

littlejo
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Re: Import en CSV

Je n'ai pas de soucis pour importer depuis mon ordinateur.

https://framadrop.org/r/kLB1vONP7x#Iae4 … cHxyq6ZHY=

Après je vois bien l'utilisateur importer.

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#5 01-06-2017 16:08:31

jeanmark
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Re: Import en CSV

Zut de flute, je n'y comprends que pouic.

Ca marche avec les 7 premiers utilisateurs mais après ça ne marche pas. Cependant rien ne distingue les utilisateurs suivants des premiers. Si je copie deux fois les 7 ça marche aussi... hmm

J'ai fait un listing type anonymisé. tu pourras essayer de ton côté ? sad


https://framadrop.org/r/MgpgBFWFN_#fsTK … VdWXQ2XVE=

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#6 01-06-2017 16:40:30

littlejo
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Re: Import en CSV

> J'ai fait un listing type anonymisé. tu pourras essayer de ton côté ? sad

le format des dates des anniversaires  n'est pas valide.

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#7 01-06-2017 22:03:17

Jean-Baptiste
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Re: Import en CSV

Merci littlejo pour le support à jeanmark . En effet le format des dates de naissance n'est pas correct. Je viens d'essayer en debug sur Libreosteo et c'est bien le format de date qui pose problème dans le fichier... Et ok, le message d'error n'est vraiment mais vraiment pas explicite big_smile

Je corrigerai cela wink

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#8 02-06-2017 01:04:13

jeanmark
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Re: Import en CSV

merci Jean-Baptiste et Littlejo. Je ne suis pas sûr de comprendre : le format c'est bien JJ/MM/AAAA ?
Dans le cas du premier fichier limité que j'ai envoyé il passe mais pas dans le cas du grand fichier ? hmm
S'il s'agit de formatage, je me suis assuré que tout était bien en utf 8...

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#9 02-06-2017 12:18:52

Jean-Baptiste
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Re: Import en CSV

J'ai en effet testé le second fichier. Pas le premier. Je relance ce soir.

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#10 02-06-2017 13:08:22

Jean-Baptiste
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Re: Import en CSV

Le premier fichier passe sans problème. En effet la date de naissance est au bon format. Dans le second, le format numérique et non un format de date est renseigné. C'est refusé à l'importation.

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#11 02-06-2017 14:07:58

jeanmark
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Re: Import en CSV

Effectivement, je n'avais pas vu (j'avais une version avec la date en JJ/MM/AAAA, mais celle que j'ai envoyé s'est transformée, je ne comprenais donc pas pourquoi vous parliez de la date).
Mais dans le fichier avec la date au bon format ça ne passe pas non plus...
Je continue de chercher...

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#12 02-06-2017 14:47:06

littlejo
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Re: Import en CSV

>merci littlejo pour le support à jeanmark .

Pas de soucis : je lance une instance docker de libreosteo et en 5 minutes je regarde si ça fonctionne...cool

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#13 02-06-2017 21:16:08

Jean-Baptiste
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Re: Import en CSV

jeanmark une fois le fichier tenté d'importer, tu peux transmettre les logs si tu veux, et si tu ne souhaites pas que les données apparaissent tu peux toujours envoyer à l'adresse mail libreosteo[at]gmail.com
Je suis le seul à pouvoir consulter cette adresse.

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#14 02-06-2017 21:17:24

Jean-Baptiste
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Re: Import en CSV

Il faut savoir aussi qu'une api REST est accessible pour libreosteo, on pourrait envisager un plugin spécifique d'import depuis une base medintux ?

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#15 03-06-2017 01:46:30

jeanmark
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Re: Import en CSV

Pour le plugin c'est une bonne idée pour ceux qui voudrait migrer en général et moi en particulier mais il faudrait pas que ça prenne trop de temps.

Par contre je suis intéressé pour t'envoyer le log ou le listing. Comment tu récupère le log ? Il le généré automatiquement dans un dossier où il faut activer un mode debug ?

Je m'y remet ce matin vers 10h ça devrait marcher (crénom !)

Merci smile

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#16 03-06-2017 06:54:36

Jean-Baptiste
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Re: Import en CSV

Tu es sous Windows ? Si oui dans le dossier Libreostéo c:/ProgramFiles/
Il y a plusieurs fichiers de log. Access et error.envoie les deux

Sous Mac OS, il faut aller dans ton home puis Library puis Libreosteo

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#17 03-06-2017 12:01:37

jeanmark
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Re: Import en CSV

Bon, je dois avouer mon impuissance roll
Je t'ai envoyé log + listing via mail...

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#18 03-06-2017 21:28:09

Jean-Baptiste
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Re: Import en CSV

Merci jeanmark, j'ai trouvé le problème pour ceux que ça intéresse dans le code :
Classe FileContentAdapter du module file_integrator l.204

Code:

dialect = csv.Sniffer().sniff(self.file.read(1024))

La détection du dialect CSV (car des fois on peut utiliser le delimiter ',' ou ';' ou autre delimiteur) ne fonctionne pas ici car il y a beaucoup de données à analyser. Traiter uniquement 1ko de données n'est pas suffisant pour l'analyseur.

J'ai monté le buffer à 4Ko ce qui aujourd'hui est nada avec nos machines résout l'analyse. J'ai pu importer les 323 lignes.

Attention en revanche à bien conserver la première ligne du fichier gabarit, elle reste importante pour l'analyseur.

Je prépare un correctif et j'en profite pour faire le correctif lorsque la date de naissance est dans un format incorrect.

Une fois le correctif réalisé il faudra que je réalise une release et construire la version pour toutes les plateformes.

Je pense donc pouvoir y arriver d'ici lundi soir, mais difficilement avant.

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#19 03-06-2017 22:47:41

jeanmark
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Re: Import en CSV

Trop bien, merci !!big_smile

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#20 04-06-2017 15:10:24

Jean-Baptiste
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Re: Import en CSV

Je viens de releaser et construire les binaires windows et MacOsX pour la version 0.5.7 (pas de version 0.5.6 qui contenait le bug fix uniquement, j'ai ajouté la feature pour les emails).

Attention dans l'exemple de fichier CSV que tu avais envoyé, l'email était dans note importante !
Il y a un champ dédié pour l'email, il faudra donc repartir du template pour faire l'importation.

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#21 04-06-2017 18:20:23

jeanmark
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Re: Import en CSV

bien reçu ! merci wink

Par contre lorsque je tente un téléchargement c'est la version 5.5 qui pop-up...

Dernière modification par jeanmark (04-06-2017 18:26:50)

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#22 04-06-2017 19:57:56

Jean-Baptiste
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Re: Import en CSV

Evidemment, j'ai oublié de pousser la mise à jour du site...... Voilà chose faite.

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#23 06-06-2017 10:39:27

jeanmark
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Re: Import en CSV

Ca marche ! Bon, j'ai échoué (erreur 9 sur le log) au début sur Win10 mais réussi avec OSX via Firefox en navigation privée (il ne me permettait de télécharger que l'ancien gabarit : il doit y avoir un cache qq part côté firefox).

Je pense pas que ce soit lié à la différence de config MAC/PC chez moi mais plutôt à la manière dont j'ai traité les données : ça ne marchais pas avec une manip via LibreOffice et Excel mais ça a accroché quand j'ai repris les données via Editra (un notepad++ alike pour Mac).

Bon par contre je saurais pas en dire plus. Si tu as envie je peux t'envoyer le log.

Merci ! smile

Dernière modification par jeanmark (06-06-2017 10:39:38)

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#24 06-06-2017 22:17:30

Jean-Baptiste
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Re: Import en CSV

Je veux bien tes logs oui !
Concernant le cache, c'est étrange, mais je vais voir coté appli si je peux désactiver la mise en cache des documents.

Merci à toi

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#25 06-06-2017 23:11:30

jeanmark
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Re: Import en CSV

Ok, voici le lien :
https://www.dropbox.com/s/a3a0fdg4rnomq … s.log?dl=0

La partie concernée ? >>>

* Try to guess the dialect on csv
Extractor failed.
Traceback (most recent call last):
  File "C:\Users\jb\libreosteo\libreosteoweb\api\file_integrator.py", line 69, in extract_file
  File "C:\Users\jb\libreosteo\libreosteoweb\api\file_integrator.py", line 234, in get_content
  File "C:\Users\jb\libreosteo\libreosteoweb\api\file_integrator.py", line 186, in get_content
IOError: [Errno 9] Bad file descriptor
result is {}
user [anneclaire] authenticated

je comprends pas pourquoi il appelle 'users\jb' ici, ça correspond à quoi ? Il devrait pas appeler un user local ?

Par ailleurs, c'est étrange parce que j'ai fait la même manip, avec le même fichier qui marche sous Mac OSX. Pour être sûr, j'ai tenté en navigation privée et sur chrome. Ensuite, j'ai réinstallé libreOsteo et, pour plus de sureté, j'ai viré tout le fichier dans program files...

Ca ne fonctionne toujours pas sous Win10 (il indique une erreur 9 sur le log...)

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